强烈的“峰-谷效应”还会增大航校的运营风险。在需求旺盛的年份，航校为了满足市场需求，往往通过扩大机队和教员队伍来增加供给，但是一旦经济波动带来运输航空飞行员需求下落，单一为航空公司服务的航校业务急剧下降，庞大的训练机队和飞行教员成为了航校沉重的运营负担，特别是运行成本较高、利润较低的国内航校，调整空间更小，经营风险更大。

第三，高度单一的培养模式会导致训练队伍脆弱化。

整体课程的培养速度快，质量管控严格，但这些飞行员的理论学习、飞行技能学习和运行经验都高度相似，都强调课堂化的技术训练，缺乏在实践中的飞行素质培养，特别是对飞行员的自我控制能力、空中决断能力以及应急处理能力几个方面，都是相对薄弱环节。2009年全美航空公司的A320成功迫降哈德逊河事件表明，萨伦伯格机长丰富的飞行实践经验，是保障此次安全迫降的重要原因。事件发生后，曾有民航人自问，如果这次事件发生在中国民航，后果可能就不堪设想了。

此外，飞行员职业素养的培养也是整体课程的缺项。高度同质化的培养模式，使得飞行员对所在航空公司的认同感非常低，并迫使各航空公司在飞行员管理、薪酬体系方面高度一致，因为一旦存在飞行环境、福利待遇的差别，就容易在飞行员中出现攀比，影响队伍稳定，这对新成立的航空公司或者货运航空公司的影响更为突出。