但还在2011年6月，波音就已经预计研发开支要超过封顶价的49亿美元，超出幅度达到3亿美元。经过艰苦的内部调整，超支问题终于下了头条新闻，F-35回到“问题冠军”的王座，但波音靠KC-46赢利的前景已经十分黯淡了，这可能最终成为赔本生意。好在计划按时完成还是有把握，预计2014年中首飞，开始一般的飞行性能试飞；2015年初第一架飞机的任务设备安装完毕。2015年应该交付7架KC-46，2016年12架，另外15架在2017-2027年之间交付。

出乎意料的是，波音在技术上也出问题了。首先碰到的大问题是机内布线，包括信号线和电力线。民航飞机的布线要求都从机舱顶部走，避免地板坍塌压断电线造成失控的问题。但军用的抗战损要求更进一步，有些线需要双重甚至三重冗余。不仅如此，还要求线与线之间有足够的物理间距，确保不至于因为战损而一损俱损。军机还对于屏蔽有较高要求。这是双向的，不仅要确保本机电子系统不会互相干扰，也是对电磁攻击（包括核大战条件）的基本防护。这是民航飞机没有的要求。

电线

但波音犯了低级错误，最初组装完成的KC-46至少有5-10%的电线间距不符合军标，或者是屏蔽达不到要求。布线不像隐身涂料那样高大上，但机体内空间有限，不是什么地方都可以走线的，也不是什么地方都可以提供有效屏蔽，如何在安全、可靠而又有足够间隔的条件下走线、提供屏蔽，并不简单。波音767基本型有大约70英里（约113公里）的布线，波音767-2C再增加50英里（约80.5公里）的布线，工作量可观。2014年9月，波音证实，布线重新设计将推迟首飞，从2014年6月推迟到11月，最后在12月28日实现首飞。

2015年7月，波音宣布，另外拨款8.35亿，用于纠正综合燃油系统由于设计错误造成的寿命和开裂问题，已经组装完成的飞机也要返工。最后测试的时候使用的代用品不合要求，值得重走一遍测试程序，又是一个低级错误耽误进度的例子。

在试飞中则发现，机翼天线为了避免引起散落油雾着火，在空中加油时要切断电源，但这使得加油机和受油机在加油作业的时候无线电通信中断。更大的问题是通过闭路电视遥控的加油杆。传统加油机的加油员控制站在机尾，通过目视直接操纵加油杆，工作条件不好。KC-46的加油员控制站移到前部驾驶舱后，工作条件大大改善。但问题是用闭路电视观察时，距离感不好，在有的光线角度还会发生炫光问题，以至时常发生加油杆与受油机蒙皮碰撞的问题，这对隐身飞机尤其糟糕，把隐身涂层敲坏了，影响隐身，那是要影响生存力的。