在料理完遇难者的事情后，各方立即围绕究竟是谁击落了MH-17展开了一轮轮的口水战。由于双方的战线犬牙交错，因此调查事故非常困难。MH-17航班的坠落地点是在乌克兰东部冲突区境内，国际调查组担心自身的安全没有保证，所以一直迟迟不肯进入当地调查。许多证据是由东乌方面以及与东乌关系密切的俄罗斯转交国际调查组的，这也给后来公布的调查结果引发多方争议埋下了伏笔。

早在客机坠毁的当天的7月17日，国际文传电讯社就称，坠毁的马来西亚客机在乌克兰东部大约1万米高空遭击落，击落它的是俄制BUK-M1“山毛榉”防空导弹（北约代号SA-17）。BBC还援引防务专家称，在万米高空击落一架飞机可能存在两种情况，一是雷达跟踪动用长距离地对空导弹精准打击，二是被同在高空的战斗机发射导弹击落。乌克兰驻联合国大使立即出面指责俄罗斯，他表示如果俄罗斯没有向民东乌的武装提供足以击落飞机的导弹系统，马来西亚航空的飞机将不会坠毁。

俄制“山毛榉”地对空导弹系统，这种导弹乌政府军，东乌武装和俄军都有装备

据西方媒体报道，MH-17坠机后，俄方救援人员和部队已经前往现场，并且在第一时间拿到了黑匣子，而东乌武装则阻止乌克兰调查人员前往现场。东乌武装表示，他们将会把黑匣子交给俄罗斯处理。7月22日，东乌“顿涅茨克人民共和国”官员向马来西亚调查人员移交马航MH17航班客机黑匣子。同日英国政府同意荷兰政府提出的申请，由英国航空事故调查局对MH17失事客机的黑匣子进行破解，以便对事故原因进行国际分析。

东乌武装人员，叫他们是“民兵”简直是就是掩耳盗铃，有这么正规的“民兵”吗？

7月27日，东乌地区武装组织领导人同意让国际调查人员进入马航坠机现场调查坠毁的原因并收集相关证据，并承诺为国际调查人员提供保护。不过由于安全原因,，最终国际调查人员未能按计划进入坠机现场。欧洲航空安全官员表示，马航MH17黑匣子中尚未公布的数据显示，飞机机身多次被导弹爆炸的弹片击中，发生了爆炸性减压，因此对方是有预谋的击落飞机。马航MH17客机残骸照片显示，其机身上有许多细小孔洞。多名专家分析称，这些孔洞或是飞机被导弹爆炸后飞散的弹片击中所致。

此时乌政府军和东乌武装在乌东部地区交火激烈，但双方均否认是己方击落了客机，并力图将责任往对方头上推。一向报喜不报忧、刻意隐瞒多次被东乌武装重创团灭惨败的乌克兰军方甚至主动承认称在7月16日夜间，乌克兰空军有一架苏-25攻击机在东乌地区执行军事行动时被俄罗斯空军苏-27战斗机击落，意在暗示是俄军击落了客机。不过，俄罗斯方面根本不屑于回应这一说法。

时任东乌武装负责人的亚历山大•博罗代则称，东乌武装没有对客机开火，他声称将允许国际专家到现场调查。博罗代同时指认战场态势不利、急于寻求外部势力干涉的乌克兰政府军才是击落了马航客机的凶手。

相互看不顺眼对方的俄罗斯总统普京和时任乌克兰总统波罗申科

时任乌克兰总统的彼得•波罗申科说：不排除客机被击落的可能性，但乌方可以确认“乌克兰武装部队没有向天空中的任何目标开火”。他还责成政府成立空难事故调查委员会，并呼吁国际相关机构和组织参与调查这起事件。