苏-35S有14个武器挂点，与F-15C和F-22上的8个挂点或F-35上的4个内部挂点相比，具有极佳的装载能力。对远程目标攻击时，苏-35S可以使用K-77M雷达制导导弹（北约称为AA-12），据称射程超过120英里。

对近距离目标攻击时，苏-35S可以使用R-74红外制导导弹（北约名称：AA-11 Archer）。只需通过安装头盔的光学瞄准镜，苏-35S的飞行员就可以瞄准敌方飞机。R-74的射程超过40千米，并采用推力矢量技术。

苏-35S还可以使用R-27中程导弹和R-37超远程导弹（又名AA-13，用于对抗预警机、电子侦察机和加油机）完成了苏-35的空对空导弹选择。此外，苏-35还配备了一个30毫米口径的机炮，共计150发炮弹，用于扫射或斗狗。

苏-35S还可携带多达7,700公斤的空对地弹药。从历史上看，与西方空军相比，俄罗斯精确制导弹药十分有限，如果有足够的弹药，那么苏-35S就具备大规模使用这种武器的能力。

与其前代产品相比，苏-35最重要的改进可能在于硬件。它配备了强大的电子对抗系统，旨在欺骗雷达波并误导敌方导弹。这可能会显着降低敌方击中己方的概率。

希望苏-35的IRBIS-E无源电子扫描阵列（PESA）雷达能够提供更好的隐形飞机性能。据称能够追踪多达30个空中目标，雷达横截面为3米至250英里之外 - 目标的横截面为50英里以外的0.1米。然而，PESA雷达比西方战斗机现在使用的有源电子扫描阵列（AESA）雷达更容易检测和阻塞。IRBIS还具有空对地模式，可以在PGM时刻指定多达四个表面目标。

苏-35和T-50 IRST