2003年，全美航空停止美国国内线免费供餐服务，旅客必须付费购买飞机上的餐点。目前在大部份700哩(1126公里)以上的航班都可以买到三明治和生菜沙拉。

为了进一步改善财务状况，匹兹堡枢纽正式于2004年关闭，并开始使用由西南航空引入的多点直飞模式，取代原本中心辐射型(hub-and -spoke)的营运模式。事实上，在1980年代中期以前，美国大部份航空公司都使用多点直飞。目前全美航空提供美国东岸的主要机场点对点直飞班机，例如华盛顿雷根国家机场、纽约拉瓜地亚机场以及劳得岱堡─好莱坞国际机场。其他航空公司在这些航点之间并未提供频繁的直飞班次，大城市间的直飞班次带来较高利润，因此全美航空的营运状况得以改善。

2004年5月4日，全美航空成为星空联盟的第15个成员。

然而，高油价以及劳资双方谈判破裂使得全美航空在2004年9月12日再度进入破产保护程序。员工的普遍不满和异常增加的病假人数造成 2004年圣诞节假期期间执勤员工不足，这次事件使得全美的营运雪上加霜，甚至有报导臆测全美航空可能会清算结束营业。美国运输部最后发现是全美航空的管理阶层能力不足，而造成公司面临关门危机。

美西航空入主与进一步扩张2005年至今

2005年5月19日，全美航空集团宣布以15亿美元代价与亚利桑那州的美西控股(美西航空母公司)合并，美西航空在美国西部的航线与全美航空现有美东、加勒比海及欧洲航线有互补效应，新公司名称仍为全美航空，航线遍布全美。

新的全美航空的管理阶层由美西航空班底接手，总部也由夏洛特搬到亚利桑那州的潭蓓。整个接手的时程约18至24个月，预计到2007年完成合并，美西航空和全美航空将会使用同一张营运执照。

2005年9月13日，美西控股95.5%股东同意买下全美航空。

2005年9月15日，破产法院宣布全美航空于2005年9月27日起脱离破产保护。脱离破产保护当日，二家控股公司完成合并，新公司宣称自己为全世界最大的廉价航空公司。2006年1月起，美西航空在各航站的柜台改挂全美航空商标。2006年2月9日，全美航空成为美国较有历史的航空公司中使用巴西航太190型客机的第一家。2006年5月，美西航空和全美航空的网站合并，新接口使用不同的图像表示全美控股集团下不同航空公司的班机； 7月，全美航空再向空中公共汽车公司订购21架A-350型客机。

2006年11月15日，全美航空集团提出与达美航空合并的计划，收购价为约80亿美元，以现金与全美航空股票各支付一半。12月19 日，达美航空的债权人及破产法院否决了此项并购案。2007年1月10日，全美控股提高了收购价，将以50亿美元现金及8亿9千5百万股全美航空股票，总价约在102亿美元(依2007年1月9日收盘价计算)收购达美航空。1月31日，全美航空宣布放弃并购计划。