为了明确领导层的责任，日航决定对所有42名董事做出报酬减额处分。日航社长赤坂祐二从10月起的3个月，报酬减少40%；5名监事也包含在处分对象之内，将主动归还报酬。

据日本国交省介绍，整改命令是严重程度仅次于吊销业务许可、业务停止命令的处分。此次的命令中提及，若饮酒丑闻再次发生，有可能在考虑对乘客影响的基础上，下达业务停止命令。

除了日本航空，天马航空（Skymark Airlines）等日本其他4家航空公司今年也被发现飞行员执勤前酒精超标问题。

日本国交省当天还发布了一份文件，要求所有航空公司加强对机组人员饮酒的自我管理，以防止类似事件再次发生。日本国土交通大臣赤羽一嘉说，为让各航空公司都能确实执行饮酒对策，国土交通省会持续进行严格监督。