车站设计采用“上进上出”的流线模式，进站换乘京雄城际的旅客先由地面航站区进入地下一层换乘通廊，通过开放式进站口进站检票入地下二层站台乘车；出站换乘机场的旅客，在地下一层南北区出站，通过换乘通廊向上进入航站楼；京雄城际铁路与城际联络线、地铁构成轨道交通站厅层，在地下一层换乘通廊可实现换乘，并进入站台乘车。

目前，大兴机场站站房内装修目前进入收尾阶段，预计8月底全部完成。

大兴机场站采用开放式服务中心，在站厅西侧端墙设置了以“凤栖梧桐”为主题的文化墙，与机场“凤凰展翅”的整体造型相协调。站厅地面拼花延续“凤栖梧桐”的设计概念，拼花图案有规律的排列组合，可对旅客通行进行引导。站厅地面层采用水泥人造石材质，一方面提升地面整体效果，另一方面可以随车站平面布局进行灵活调整。

车站主吊顶采用“穿孔镜面不锈钢+整体式发光天棚”形式，穿孔镜面板可提升车站空间感并可吸收噪声。整体发光天棚设有4档调节功能，根据运营需求分时段进行光照调整，节能降耗。

旅客进站通道墙面自上而下采用灰色背漆玻璃+红色色带+银灰色铝蜂窝板材质，与弧形墙面营造“复兴号”动车组外观，体现京雄城际大兴机场站铁路特色。站内各种标识与航站楼有机衔接，无障碍设施标准也与航站楼保持一致，方便引导旅客服务旅客。