然而，塔台人员不经意地往天空看，并未发现大量的云群聚在一起，反而半朵云都没有。

正当他感到诧异时，时间已到了九点半，吉尔伯多希尔瓦应该在此时与塔台进行第二次通讯，但塔台人员却未接到任何讯息。

这时塔台人员试图与吉尔伯多希尔瓦联络，但一直无法顺利通话。一个小时后，塔台人员放弃联系，正式宣布巴西航空967班机失踪。

由于飞机载有日本国宝，因此日本政府不敢轻忽，赶紧出动海军与空中救难队协助搜寻。而此次救援行动，不仅日本方面出动大量人马，美国也派海岸巡防队与空军，协助日本搜寻。

起初打捞范围仅锁定在离日本一小时的航线地点，但并未发现任何蛛丝马迹，接着救难队将搜寻范围扩大。尽可能地搜到每一个角落，只不过仍一无所获。

经过数周的搜寻，救难人员也放弃了，他们认为巴西航空967班机如不是被劫机，飞到无人的地方，就是根本不存在这个世界上。

巴西航空在检讨报告中，写了这句注解：「巴西航空967班机已无任何线索，甚至连一丝的希望都没有，因为根本无法对一个消失的飞机，进行任何的搜寻行动。」

美国中央情报局（Central Intelligence Agency）曾推测：这架飞机或许载有当时从苏联驾驶米格25，飞到日本投诚的机员。而苏联国家安全委员会（KGB）则利用间谍，将这架飞往美国的班机劫持到苏联，并将机组人员全数杀害。