日本也有两架“空军一号”。官方名称是“日本国政府专用机”，用于日本天皇、政府总理和其他高级官员出国公务时使用，基于波音747-400改装，迄今已运行了27年。

这两架专机对外无线电呼号为“日本空军一号/二号”（Japanese Air Force One/Two）。由于从法律上讲日本不能有“空军”而只能是“航空自卫队”，但后者的读音过于复杂，所以使用“Japanese”替换“Japan”以示区别。日常训练飞行呼号“天鹅座一号/二号”（Cygnus One/Two）。日本航空自卫队代号“001/002重型”（Zero Zero One/Two Heavy）。

机尾涂装为日本国旗，注册号为20-1101/02,有“航空自卫队”字样表明这是军用飞机，通常两架一起出动，由日本航空自卫队特种航空运输联队第701中队运营。

机身涂装主色是红色和金黄色，是日本国旗和日本皇室的主色；前机身有国旗和国名以表明国籍和身份。

俯瞰日本“空军一号”，2005年在美国旧金山。

日本政府在1987年决定购买两架波音747-400作为天皇和政府首脑的专机。以便在全球范围内使用，购买波音飞机的另一个目的是抵消日本和美国之间不断增长的贸易逆差。

这两架飞机都在1991年秋季交付，宫泽喜一是第一位使用“空军一号”的总理，之后天皇外访时也使用了这架飞机。

访问波兰。

该机使用了与美国“空军一号”VC-25A相同的发动机：通用电气CF6-80C2涡轮风扇发动机。

它们并没有像美国“空军一号”那样在改装上大动干戈，属于“轻度”改装，也没有空中加油能力。机组成员17-19人，其中12人为空乘人员，专门的通信操作人员只有3人，因没有加装昂贵而复杂的通信指挥设备，所以机内空间很大，可搭载140名乘客。

2002年加拿大G8峰会期间，由于德国队进入了2002年世界杯决赛，会议之后德国总理施罗德希望立即飞到日本为德国队助阵。

但当时的随行专机是A310（这次出访没有使用A340-300），因航程不够无法飞到日本。施罗德就临时搭乘了日本首相小泉纯一郎的专机，这也是外国政府首脑首次使用日本“空军一号”。被称为“搭便车外交”。

与美国空军一号不同，日本政府专用机只能用于政府业务，不能用于皇室或总理的个人旅行。