5月11日，吉祥航空发布董事会公告，审议通过了设立吉祥航空江苏分公司的议案，这也就意味着吉祥航空在上海总部之外有了第一家分公司。

2015年10月25日，吉祥航空开通哈尔滨—南京—三亚航线，这是该公司首次进入南京市场。但其与南京机场的关系迅速升温。今年1月28日，吉祥航空和南京禄口机场签订战略合作协议，吉祥航空方面表态将在2016年内在南京投放5架—7架飞机，并在2020年底前将运力投放增加到25架。今年3月27日民航夏秋航季开始前，吉祥航空更宣布开通南京飞至青岛、深圳、大连、南宁、厦门、贵阳、绵阳、丽江、沈阳、北海、昆明、哈尔滨的新航线，并推出了“沪苏如意飞”航线产品——旅客购买吉祥航空承运的上海、南京、无锡始发的航线中任一航班相应折扣机票，均可向吉祥航空提出航段变更申请。

作为2006年开航的航企，吉祥航空目前的机队规模为50余架，比其规模略大的春秋航空已经在总部上海外设立了石家庄、沈阳、深圳基地，较其机队规模小的奥凯航空也在华北、东北和湖南布局。除了在南京布局外，吉祥航空新近还和云南机场方面签署战略合作协议，或会在西南设立分公司。