飞行运行总手册（General Flight Operation Manual）的主要内容包含有：
运行手册体系
运行手册的管理系统
航空公司运行总政策
总则
“运行合格证”与《运行规范》的管理
运行监察与检查
飞机的运行验证试飞
换季工作规定
安全信息及运行信息
应急撤离演示
机载应急医疗设备
氧气配备与使用规定
机上资料管理
航空公司航空人员身体及体检要求
航空公司各类记录的管理
禁止吸烟
飞机构型要求
飞机加/改装
载重平衡控制
运行时刻表
飞行品质监控
引进飞机的运行准备
新开航线和临时包机的运行准备
组织机构与管理职责
运行管理系统
航空公司主要管理人员
运行管理人员的任职要求及主要职责
运行管理机构的主要职责
运行规章
机型定员和机长指派
机上指挥权的接替
航空公司飞行驾驶员的使用限制和搭配要求
飞行机组疲劳管理规定
航空卫生保障
酒类饮料、药物和麻醉品的限制
驾驶员的健康限制