据悉，当东京 - 台北航线于1959年启航时，日本航空使用道格拉斯DC-6B飞机执行每周两次的东京-台北-香港航线。

此后，由于中国大陆和日本的关系在1972年开始正常化并建立邦交，台湾当局采取将台湾 - 日本航线暂停措施，日航在1974年4月21日飞行JL 704航班后停止了日本 - 台湾航线。

1975年，日航开辟了中国大陆与日本定期航班，具官方色彩的日航无法再飞行台湾，特别成立子公司日本亚洲航空公司（Japan Asia Airways，JAA）。从1975年9月15日起，日本亚洲航空（JAA）开通了东京羽田-台北松山航线，日本和台湾之间的航线重新启动。

1979年台湾中正国际机场（现桃园国际机场）开航，松山机场成为台湾岛内航线专用，与此同时，东京-台北线的目的地也转移到了中正机场（桃园机场）。之后，在2008年3月31日，日本亚洲航空（JAA）飞完台北（桃园）-东京航班后，并入母公司结束了32年多的运营，从2008年4月1日开始，日本航空（JAL）返回台湾运营。

2009年，台湾与日本达成协议，决定台北松山-东京羽田线复航。2010年10月31日，时隔31年日本航空重启了该航线，现在该路线一天有两次往返飞行。

台湾交通主管部门副主管祁文中致词时表示，台日航线飞航60年，在交通、观光、经贸上，日航都是很重要的合作伙伴。台日互访旅客不断增加，2018年台湾访日旅客人数达480多万人次，成长4.2%，日本到台旅客有196万人次，也成长逾3%，相信今年日本赴台旅客可突破200万人次。日媒称，双方希望2020年互访旅客突破800万人次。