另一个值得注意的特色，在于类似B—2的发动机舱设计。这种设计的目的，是为了让深入机身的发动机不容易被雷达或前视红外线从前后“看到”，同时也可以减低机身的红外线以及音响迹讯。机尾的喷嘴后方，发动机喷气还要经过两个凹槽，与B—2相同，可以利用这些线条产生的涡流，快速的让发动机热排气与冷空气混合。以隐身的效果而言，YF－23的这种设计，比YF-22要优秀。